Vers des probiotiques de nouvelle génération

Si la greffe de selles a complètement modifié le traitement des infections à Clostridium difficile récidivantes, son utilisation en routine dans d’autres pathologies risque d’être moins évidente. Dans les affections chroniques, « il n’y a aucune chance de retrouver une efficacité similaire », prévient le Pr Sokol, car les mécanismes en cause sont plus complexes. Par ailleurs, côté sécurité, « c’est une vraie boîte noire et on ne sait pas très bien ce qu’on fait, puisqu’on ne connaît même pas encore tous les composants du microbiote ». Or, contrairement à l’infection à C. difficile qui demande généralement 1 à 2 transplantations, le traitement d’une pathologie chronique risque d’en imposer la répétition, multipliant ainsi les risques d'effets indésirables.

Approches contrôlées Dans ce contexte, les recherches s’orientent vers des approches plus contrôlées. « Il y a une recherche très dynamique pour tenter d’identifier dans le microbiote intestinal des micro-organismes que l’on pourrait mettre en culture après les avoir sélectionnés rationnellement pour leurs effets ». Avec, à la clé, le développement de probiotiques de nouvelle génération. « Ainsi, nous travaillons depuis une dizaine d’années sur la bactérie F. prausnitzii, identifiée comme manquante chez les patients atteints de maladie de Crohn et qui semble avoir en elle-même un effet anti-inflammatoire », illustre le Pr Sokol.

Actuellement, la majorité des probiotiques viennent de produits laitiers fermentés et la plupart n’ont peu ou pas d’efficacité démontrée. Globalement, l’effet le mieux documenté est celui de S. boulardii et de lactobacillus gg dans la diarrhée associée aux antibiotiques. D’autres probiotiques ont aussi fait la preuve d’une certaine efficacité pour le confort intestinal, notamment dans le syndrome de l’intestin irritable, « mais c’est à peu près tout ».

À côté des probiotiques, une autre voie de recherche vise à se servir du microbiote comme une source de molécules thérapeutique potentielle. « Maintenant qu’on sait que le microbiote a des effets très importants sur la santé, il est logique d’aller essayer d’identifier quels sont les acteurs de ces effets », explique le Pr Sokol. Quelques laboratoires et de très nombreuses start-up sont déjà sur le pont, avec plusieurs pistes thérapeutiques qui émergent. « Mais le moment de vérité va se jouer dans les cinq à dix prochaines années, lorsqu’on passera à la clinique ». En tout état de cause, « le microbiote n’est qu’un acteur parmi d’autres et, à mon sens, les futurs traitements qui le cibleront seront très probablement à utiliser en association avec d’autres ».