Écosystème microbien : Son rôle dans la prévention et la santé

L’homme rencontre le monde microbien le jour même de sa naissance, puis reste microbien toute sa vie : l’organisme héberge quelque 100 000 milliards de bactéries, soit un peu plus que le nombre de cellules humaines et bien plus de gènes que le génome humain. Ces bactéries interagissent avec les cellules et les organes de façon très intime et les modifications du microbiote ont un impact sur la santé humaine.
Au cours de la seconde moitié du siècle dernier, la meilleure hygiène globale, les antibiotiques et les vaccins ont permis de réduire les maladies infectieuses. Mais, dans le même temps, les maladies auto-immunes, les maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI), les allergies et les maladies métaboliques comme l'obésité et le diabète de type 2 ont vu leur incidence augmenter fortement. L’augmentation de ces maladies, notamment des maladies auto-immunes, est bien sûr en partie expliquée par un meilleur diagnostic. Mais si l’on prend l’exemple de l’autisme, qui touche désormais 1 % des enfants nés aux États-Unis ou en Chine, 25 % seulement de cette augmentation est imputable au meilleur diagnostic. D’autres facteurs sont impliqués et les modifications du microbiote consécutives à celles de l’environnement jouent, dans ce contexte, un rôle majeur.  
En effet, l’évolution du mode d'alimentation a conduit à une baisse de la consommation de fibres, qui est passée dans les pays occidentaux, en quelques décennies, de 50 g/j à moins de 20 g/j, alors que les recommandations sont de 25 g/j. Or, les fibres sont les carburants du microbiote, qui a ainsi perdu de sa diversité. L'environnement autour de la naissance a également évolué : davantage d’enfants nés prématurément – et donc avec un microbiote simplifié – et davantage de césariennes, responsables d’une moindre exposition aux bactéries maternelles, avec, pour conséquence, une légère augmentation du risque de maladies immunologiques comme les allergies.
 
Dans le domaine de la prévention, il apparaît ainsi essentiel de mieux comprendre le rôle de la nutrition sur la modulation du microbiote, ce qui pourrait avoir un impact sur l’évolution de certaines maladies. La diversification des fibres nourrit la diversité globale du microbiote, diversité qui se traduit notamment par une moindre inflammation et un phénotype métabolique plus favorable.
À côté de la nutrition, l’importance de bactéries intestinales dominantes – qui sont sous-représentées dans les maladies chroniques et ont des effets intéressants sur l'inflammation ou sur la perméabilité intestinale – est également reconnue. Quelques bactéries de ce type ont été identifiées comme protectrices et elles vont être évaluées dans des essais cliniques. Il ne s’agira pas, à terme, de thérapies basées exclusivement sur le microbiote, mais plutôt d’un accompagnement des traitements actuels, dans le cadre d’une médecine qui traitera parallèlement les symptômes et le microbiote.
 
Docteur Isabelle Hoppenot
 
D’après un entretien avec Joël Doré, Directeur de recherche, Institut national de la recherche agronomique (INRA).