Le rôle du microbiome dans la mucoviscidose

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Publié le 09/09/2022

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Les recherches sur le microbiome respiratoire et son rôle dans la pathogenèse de la mucoviscidose sont nombreuses avec, à terme, l’espoir de découvrir de nouvelles possibilités thérapeutiques.

Les bactéries pathogènes peuvent devenir résistantes grâce à des éléments génétiques mobiles
Crédit photo : phanie

Les données sur le microbiome humain et notamment le microbiome des voies respiratoires, sont en constante augmentation grâce au développement des techniques moléculaires de séquençage à haut débit. « Chez chaque hôte, on pense désormais que le microbiome présente des interactions avec le système immunitaire, en développement et la régulation des réponses inflammatoires », explique la Pr Sarath Ranganathan (Melbourne, Australie).

Le microbiote des voies respiratoires sert probablement de défense contre les agents pathogènes respiratoires. Les données de modèles animaux suggèrent qu’il joue également un rôle dans la maturation pulmonaire et dans le développement de l’immunité muqueuse. « On en sait certainement moins sur le microbiome respiratoire que sur celui de l’intestin et, chez les enfants au moins, la plupart des études ont porté uniquement sur les voies respiratoires supérieures », souligne la spécialiste.

Des altérations précoces

Quelques études ont évalué avec succès les voies respiratoires inférieures, en recueillant du liquide de lavage broncho-alvéolaire et fournissent ainsi des informations sur ce microbiome, au tout début de la vie.

Bien qu’il soit difficile, en l’état des connaissances, d’impliquer le microbiome des voies respiratoires dans la progression de la mucoviscidose, des données suggèrent qu’il est très différent chez des enfants atteints, et profondément perturbé par l’antibiothérapie (1). La présence dominante, dans le microbiote respiratoire, des pathogènes bactériens reconnus de la mucoviscidose, est associée à une inflammation accrue des voies respiratoires inférieures.

La dysbiose (augmentation de Staphylococcus, diminution de Fusobacterium, etc.) survient dans les premiers mois de la vie, avant l’âge de 6 mois (2). La prophylaxie antibiotique antistaphylococcique peut avoir un effet significatif sur la diversité du microbiome dans ce contexte, et potentiellement sélectionner des souches bactériennes qui favorisent la résistance aux antibiotiques. Cela a des implications importantes, car les bactéries considérées comme pathogènes au début de la vie chez les enfants atteints de mucoviscidose, telles qu’Hæmophilus influenzae et para-influenzae peuvent ainsi devenir résistantes aux antibiotiques, grâce à des éléments génétiques mobiles dérivés du microbiome.

Des interactions avec la flore intestinale

« Pour le moment, nous ne savons toujours pas comment manipuler le microbiome des voies respiratoires, afin d’influer sur sa maturation, d’inverser la dysbiose, de prévenir la résistance, explique la chercheuse. Une des voies explorées est celle du traitement du microbiome des voies respiratoires à travers l’axe intestin-poumon, étant donné le lien étroit de développement entre ces deux niches. » Il est important d’étudier le lien entre le microbiome des voies respiratoires et la microflore intestinale dans la mucoviscidose et car la manipulation de cette dernière — par le biais de pré- ou de probiotiques, d’antibiotiques ciblés ou de transplantation microbienne fécale — est considérée comme plus aisée que le traitement direct du microbiome respiratoire. De nombreuses recherches sont en cours.

Exergue : L’axe intestin-poumon pourrait permettre d’agir plus facilement

Communication de la Pr Sarath Ranganathan (Melbourne) « Airway microbiome in cystic fibrosis and implications for treatment »

(1) Frayman KB et al. Thorax 2017 Dec;72(12):1104-12

(2) Frayman KB et al. J Cyst Fibros 2019;18(5) :646-52

Dr Christine Fallet