Reprise de Covid : SPF fait un point plutôt rassurant sur BA.5 et les autres sous-variants d'Omicron

Alors que le dernier point épidémiologique (semaine 23, du 6 au 16 juin) de Santé publique France (SPF) fait état d’une hausse du taux d’incidence national du Covid-19 (+ 53 % par rapport à la semaine précédente) et des nouvelles hospitalisations pour Covid (+ 1 %, passant de 2 552 à 2 589), cette reprise de la circulation du Sars-CoV-2 pourrait être en partie imputable à la progression en France des sous-lignées BA.2.12.1, BA.4 et surtout BA.5, juge SPF dans sa dernière analyse de risque sur les variants.

Si le sous-variant d’Omicron BA.2 est majoritaire, les trois sous-lignages BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 sont en augmentation. Les trois portent des mutations en position L452 (L452Q pour BA.2.12.1 et L452R pour BA.4 et BA5), associées chez Delta à une transmissibilité accrue, précise SPF.

Des vagues « courtes » en Afrique du Sud et au Portugal

En Afrique de Sud, où BA.4 et BA.5 ont été détectés pour la première fois début avril 2022, ces sous-variants ont complètement remplacé BA.2 et ont provoqué une vague épidémique « courte (moins de 8 semaines), de faible intensité (pic autour de 10 000 cas par jour contre 30 000 cas par jour pour la vague BA.1) et avec un impact hospitalier limité (<3 500 admissions par semaine au pic, contre presque 10 000 pour la vague BA.1) », est-il détaillé.

Au Portugal, BA.5 est également devenu majoritaire en remplaçant BA.2. L’émergence de ce sous-variant a été associée à une reprise épidémique dans le pays, explique SPF, soulignant que le pic de cette vague débutée fin avril et d’une ampleur « bien moindre » que les précédentes semble « aujourd’hui passé ».

D’autres pays connaissent une augmentation de la circulation de BA.4, BA.5 et BA.2.12.1 « sans signal épidémiologique important à ce stade », est-il indiqué. « Ces dynamiques suggèrent une compétitivité plus élevée par rapport à BA.2 et similaire entre ces trois sous-lignages, la temporalité de leurs introductions impactant leurs dynamiques relatives », poursuit SPF.

Un avantage de BA.4 et BA.5 par rapport à BA.2

En France, un remplacement progressif de BA.2 par BA.5 est également observé. Il représentait 24,2 % des séquences interprétables de l’enquête Flash menée en semaine 22, du 30 mai au 5 juin (contre 13,3 % la semaine précédente). BA.4 (3,7 % en semaine 22 contre 1,4 % la semaine précédente) et BA.2.12.1 (4,4 % contre 3,4 %) progressent également, mais « à des niveaux plus faibles ».

Cette progression suggère un avantage par rapport à BA.2. « Des études sont en cours pour évaluer si certaines caractéristiques de ces sous-lignages, en particulier en termes de transmissibilité et d’échappement à la réponse immunitaire, peuvent expliquer cette dynamique, ou si cette dernière est liée à des facteurs extrinsèques (comme la couverture vaccinale ou l’adhésion aux mesures de prévention non pharmaceutiques) », est-il souligné.

Une neutralisation diminuée par rapport à BA.2

Sur la neutralisation de BA.4, BA.5 et BA.2.12.1 par des anticorps post-vaccinaux et/ou post-infectieux, plusieurs travaux in vitro ont récemment été prépubliés. Certains « concluent à une neutralisation diminuée de ces trois sous-lignages par rapport à BA.1 et dans une moindre mesure par rapport à BA.2, en particulier par les sérums d’individus précédemment infectés mais aussi par ceux d’individus vaccinés », résume SPF, invitant à la prudence dans l’interprétation de ces résultats, en raison notamment du faible nombre de tests.

Les évaluations de la protection vaccinale réclament par ailleurs encore « un certain recul », est-il ajouté. Et la probabilité de réinfection par BA.4 et/ou BA.5 après une infection par BA.2 reste peu documentée, mais « étant donné la proximité génétique entre ces trois sous-lignages, une protection croisée est attendue », avance SPF.

Dans « Nature », une équipe chinoise montre que « BA.2.12.1 et BA.4/BA.5 affichent un échappement immunitaire plus fort que BA.2 dans le plasma des sujets vaccinés à 3 doses et, de manière plus frappante, dans celui des sujets infectés par BA.1 post-vaccination ». Ces résultats, expliquent les auteurs, indiquent qu'Omicron « peut développer des mutations pour échapper à l'immunité humorale provoquée par l'infection par BA.1, suggérant que les rappels de vaccins dérivés de BA.1 pourraient ne pas provoquer une protection à large spectre contre les nouveaux variants d'Omicron ».

Des signes cliniques légèrement différents

Concernant la sévérité de BA.4 et BA.5, aucun signal n’indique pour l’heure qu’elle soit accrue par rapport aux autres sous-lignages d’Omicron, selon le dernier rapport épidémiologique du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

En termes d’options thérapeutiques, sur les huit anticorps monoclonaux thérapeutiques différents testés dans une étude prépubliée sur « bioRxiv », un seul (cilgavimab) a montré une baisse d’efficacité neutralisante supplémentaire pour BA.4/BA.5 par rapport à BA.2.

Selon des investigations menées par SPF sur plus de 300 cas de BA.4 et BA.5, 14,5 % avaient présenté une précédente infection par le Sars-CoV-2, « soit un taux de réinfection similaire aux cas de BA.1 précédemment investigués (14 %, NDLR) ». Les signes cliniques les plus fréquents étaient l’asthénie (75,7 %), la toux (58,3 %), la fièvre (58,3 %), des céphalées (52,1 %) et un écoulement nasal (50,7 %).

Par rapport aux cas de BA.1, les cas de BA.4 et BA.5 présentaient plus fréquemment un écoulement nasal (OR : 1,79), des nausées et vomissements (OR : 2,39), de la diarrhée (OR : 2,33), une agueusie (OR : 1,77) et une anosmie (OR : 1,88), avec une durée médiane des symptômes plus longue (7 jours contre 4 pour les cas de BA.1). Les taux d’hospitalisation étaient similaires.

Maintenir la vigilance

Cet état des lieux de ces sous-lignages, ainsi que les vagues « courtes » qu'ils ont entraîné en Afrique du Sud et au Portugal, apparaît « rassurant quant aux conséquences que pourrait avoir BA.5 en France », juge SPF, d’autant que « la circulation soutenue de BA.2 en France, contrairement à l’Afrique du Sud et au Portugal, pourrait avoir un effet protecteur contre BA.5 et modérer encore son impact ».

Il reste néanmoins important de maintenir un bon niveau d’immunité chez les plus fragiles, mais aussi la surveillance : « l’hypothèse d’un futur variant dominant plus pathogène qu’Omicron, intrinsèquement ou par un échappement plus important à la réponse immunitaire, ne peut pas non plus être exclue », rappelle SPF.