Dans un article paru dans Nature le 7 août 2008, l'équipe de l'Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (CNRS/Université Aix Marseille 2), dirigée par Didier Raoult, décrit un nouveau type de virus constituant une nouvelle entité biologique. Ce virus, appelé virophage, infecte les virus géants comme le Mimivirus. Ce dernier, le virus le plus volumineux jamais identifié jusque-là avait été découvert en 2003 par l'équipe dirigée par Bernard La Scola et Didier Raoult (CNRS, université de la Méditerranée, Marseille) dans une amibe qui avait initialement été isolée en 1992 dans l'eau d'une tour d'un système de climatisation située à Bradford (Angleterre). Sa taille - 0,4 micromètre - permettait d'en faire le seul virus visible avec un microscope optique. Son génome était constitué de plus d'un million de paires de bases d'ADN et d'environ 900 gènes contre quelques milliers de paires de bases et quelques dizaines de gènes pour un virus « normal »…
Le virophage, appelé ainsi par analogie avec les bactériophages qui sont les virus de bactéries, a été découvert dans un virus géant appelé Mamavirus et les chercheurs du CNRS ont démontré qu'il était également capable d'infecter le virus géant Mimivirus APMV4.
Une nouvelle famille virale
Les chercheurs ont d'abord pensé que le virophage était comparable aux fragments d'acides nucléiques appelés satellites que l'on trouve régulièrement associés aux virus. D'où le nom de Spoutnik qui lui a été donné. Mais, à leur grand étonnement, les chercheurs ont observé « que ce nouveau virus a, en réalité, la capacité de détourner à son profit la mécanique moléculaire de mamavirus quand ce dernier est en phase de réplication, en infectant directement son organe de multiplication dans l'amibe devenue une sorte d'usine à virus » . Situation inédite puisque jusqu'alors il était admis que, pour échanger des gènes et muter, les virus devaient infecter une cellule. C'est la première fois que l'on observait, ici, des échanges directs de matériel génétique entre virus étrangers.
Le virophage découvert en août 2008 constitue ainsi une nouvelle famille virale et une nouvelle entité biologique. C'est un virus de virus qui permet de réaliser le transfert latéral de gènes entre virus géants. Cette découverte renforce l'idée que les virus géants, comme les autres organismes, ont des parasites viraux qui sont susceptibles de permettre le transfert de gènes d'un virus à un autre.
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