Le Directeur général de la santé, le Pr Jérôme Salomon, a écrit aux médecins pour préciser la conduite à tenir en présence d’un variant du SARS-CoV-2, dit « breton ».
Le 13 mars dernier, un nouveau variant dérivé du clade 20C a été identifié dans le cadre d’un cluster au centre hospitalier de Lannion, dans les Côtes-d’Armor. À la date du 15 mars, 79 cas ont été identifiés en lien avec ce cluster, dont huit confirmés par séquençage. À l’origine, l’attention de l’ARS avait été attirée par une série de discordances répétées entre les signes cliniques évocateurs de Covid-19 et des résultats négatifs de RT-PCR.
Le centre national de référence de l’Institut Pasteur a réalisé une analyse moléculaire qui a mis en évidence neuf mutations dans la région codant pour la protéine S mais également dans d’autres régions virales. Une évaluation est en cours afin d’apprécier l’impact possible de ces modifications génétiques sur un défaut de reconnaissance par les tests virologiques conduisant à un sous-diagnostic.
Selon la Direction générale de la santé (DGS), les analyses préliminaires de ces mutations et les observations cliniques et biologiques des patients porteurs ne permettent pas, à ce stade, de conclure quant à une éventuelle plus grande contagiosité ou virulence de ce variant. Les autorités sanitaires estiment néanmoins qu’il est raisonnable de le classer dans la catégorie VUI (variant under investigation) de l’Organisation mondiale de la santé. Des expérimentations vont également avoir lieu afin de déterminer comment ce variant réagit à la vaccination et aux anticorps développés lors de précédentes infections. Les autorités internationales ont été informées de la découverte de ce variant.
Un système de détection et de surveillance des cas possibles d’infection ou de portage a été mis en place par Santé publique France et les Centres nationaux de référence, en lien avec les laboratoires d’analyse dans la zone géographique comprenant Lannion, Guingamp, Saint-Brieuc et Morlaix.
Des consignes de surveillance particulière
Dans son courrier, la DGS transmet deux fiches décrivant la définition des cas et la conduite à tenir face à une infection par le « variant breton ». Compte tenu de la possible mise en défaut du diagnostic biologique sur les prélèvements naso-pharyngés, il est recommandé de procéder à un isolement strict d’une durée de 10 jours à compter de la date de début des signes de tous les patients symptomatiques, dont le tableau clinique est compatible avec une infection par le SARS-CoV-2 dans les territoires considérés.
Dans le contexte imposé par ce nouveau variant dérivé du clade 20C, une attention toute particulière est requise sur la déclaration des cas dans « Contact-Covid ». À ce titre, dans l’attente d’une évolution de l’outil, les professionnels de ville et des établissements de santé devront appliquer la consigne suivante : les cas possibles seront créés dans Contact Covid en utilisant le champ diagnostic « Probable (symptômes + scanner) » et en indiquant manuellement dans le champ « nature de variant » l’information (strictement saisie à l’identique) « Cas possible 20C » ce qui permettra de les identifier, notamment par Santé publique France.
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