Un nouveau variant « Henri Mondor », détecté en février, représente 1,8 % des séquençages début mars

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Publié le 31/03/2021

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Crédit photo : S.Toubon

Des chercheurs de l’hôpital Henri-Mondor à Créteil (AP-HP), qui héberge l’une des quatre plateformes nationales du séquençage du SARS CoV-2, ont découvert un nouveau variant « à suivre » (VOI – Variant of Interest), le variant « HMN.19B » ou « Henri Mondor ».

D’abord identifié en février chez quatre personnes atteintes de formes légères du Covid-19, il représenterait déjà 1,8 % des souches séquencées sur le territoire national, selon les résultats de la dernière enquête Flash du 2 mars de Santé publique France (SPF).

Décrit dans « Emerging Infectious Diseases », ce variant « a été découvert début février dans un prélèvement du 21 janvier 2021 réalisé chez une assistante administrative d’un hôpital francilien », raconte au « Quotidien » le Dr Slim Fourati, virologue clinicien au service de microbiologie de l’hôpital Henri-Mondor et premier auteur.

Une circulation probable dès décembre

Au total, quatre cas liés entre eux ont été détectés : l’assistante administrative, son partenaire (contact familial), ainsi que deux infirmières du même hôpital, détaillent les auteurs.

L’assistante administrative « légèrement immunodéprimée » et son partenaire « immunocompétent » avaient tous deux des antécédents d’infection symptomatique au Covid-19 début octobre 2020, confirmés par RT-PCR, mais « testés négatifs pour les anticorps anti-SARS-CoV-2 en janvier 2021 », est-il précisé. « L’une des deux infirmières infectées avait reçu une première dose de vaccin Covid-19 (Pfizer-BioNTech) 11 jours avant son résultat positif de RT-PCR », lit-on encore.

Dans les quatre semaines qui ont suivi ces premiers cas, l’équipe d’Henri-Mondor a identifié 12 autres patients en région parisienne. La plateforme lyonnaise (CNR infections virales respiratoires) a également rapidement trouvé 17 patients supplémentaires, originaires de l’agglomération parisienne, mais aussi du sud-est et du sud-ouest de la France.

Au vu du nombre de cas, les chercheurs avancent l’hypothèse d’une circulation de ce variant dès le mois de décembre ou début janvier. « Notre hypothèse d’origine portait sur une apparition chez une des premières patientes identifiées avec une légère immunosuppression. Sa première infection en octobre pouvait laisser penser à une infection persistante, mais son immunodépression nous est rapidement apparue trop légère », explique le Dr Fourati. Surtout, la détection d’un patient en Dordogne à partir d’un prélèvement antérieur à celui de cette patiente suspecte a mis à mal cette hypothèse.

Si le patient 0 n’est pas identifié, le séquençage complet du génome a révélé une souche ancienne, issue du clade 19B, pourtant « quasi absente du territoire au dernier trimestre 2020, observe le Dr Fourati. Cette souche n’a probablement pas disparu, mais aurait possiblement circulé ailleurs avant de réapparaître en janvier dernier ».

Un panel de mutations, dont certaines observées ailleurs

Le séquençage a également mis en évidence un « panel de mutations, dont certaines ont déjà été identifiées sur d’autres clades », poursuit le virologue, soulignant la « convergence évolutive » et l’émergence de panels particuliers de mutations comme conséquence d’une adaptation du virus à son environnement.

Les chercheurs ont ainsi identifié la présence de deux délétions et 18 substitutions d’acides aminés sur toute la séquence, y compris huit substitutions au sein de la protéine Spike. Ils ont ainsi retrouvé la mutation N501Y, déjà présente dans les variants britannique et sud-africain, mais aussi la mutation L452R, retrouvée dans un variant émergent en Californie. Toutes deux sont soupçonnées d’améliorer l’interaction de la protéine Spike avec le récepteur ACE2.

Des études sont en cours en laboratoire pour mieux appréhender les caractéristiques de ce variant. Cultivé sur des lignées cellulaires, il est mis en concurrence avec des souches sauvages pour évaluer son infectivité et sa capacité de réplication virale. À partir de sérums de sujets convalescents ou vaccinés, les chercheurs tentent également d’établir leur capacité neutralisante face au variant. Des premiers résultats sont attendus en fin de semaine prochaine.