Créé fin 2020 pour doter la France d’une capacité de séquençage du génome du Sars-CoV-2 suffisante pour surveiller l’évolution des variants, le consortium Emergen (Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes émergents via la génomique microbienne), qui associe Santé publique France (SPF) et l’ANRS - Maladies infectieuses émergentes (MIE), a pris fin le 31 janvier.
De huit plateformes réparties sur le territoire à son lancement, le dispositif va être réduit aux deux centres nationaux de référence (CNR) des virus respiratoires, à Paris (Pasteur) et Lyon (Hospices civils), pour la surveillance, mais continuera de s’appuyer sur le réseau hospitalier de l’ANRS-MIE et sa cinquantaine de laboratoires pour la recherche.
Cette nouvelle configuration est en cours de structuration. Sa finalisation est prévue pour « la fin du mois de janvier », indique au « Quotidien » le Pr Bruno Lina, directeur du CNR de Lyon et membre du Comité de veille et d'anticipation des risques sanitaires (Covars).
Le nouveau dispositif, désigné sous le nom d'« Emergen 2.0 » par le Pr Yazdan Yazdanpanah, directeur de l’ANRS-MIE, doit permettre de « maintenir une capacité de séquençage suffisante » sur le territoire, y compris en outre-mer avec des laboratoires à La Réunion, en Martinique et en Guyane, estime l’infectiologue.
Une montée en puissance rapide des capacités françaises
Alors que la France accusait un retard en matière de séquençage par rapport notamment aux Britanniques, Emergen a permis une « montée en puissance du séquençage » avec la mise en place de plateformes à haut débit et hautes capacités et la structuration de laboratoires publics et privés pour la collecte et le partage d’informations sur l’évolution des variants, rappelle le Pr Lina. « À la fin de 2020, entre 3 000 et 4 000 séquences avaient été déposées par la France sur la base de données mondiale Gisaid. En 2021, ce sont entre 150 000 et 200 000 séquences qui ont été partagées », poursuit-il.
En parallèle, plusieurs plateformes, notamment celles de Lyon et Paris, ont développé un circuit « ultrarapide » avec des résultats en moins de 48 heures après réception de l’échantillon (contre cinq jours en moyenne en routine). Et, les capacités d’analyse et de gestion des données générées par le séquençage ont elles aussi été augmentées.
Cet effort, en partie soutenu financièrement par l’Union européenne, a constitué une « mise au niveau des pays les mieux-disants en matière de séquençage », souligne le Pr Lina, qui souligne que 1,5 million a été investi dans des équipements. Mais, alors que l’incidence du Covid baisse et que le rythme d’évolution des virus n’est plus le même, « la surveillance n’a plus tout à fait la même finalité et il faut s’interroger sur la capacité de séquençage nécessaire selon la stratégie poursuivie », poursuit le virologue.
Près de 10 000 séquences hebdomadaires en routine
Dans la future configuration d’Emergen, les plateformes des deux CNR pourront séquencer jusqu’à 4 000 génomes de virus par semaine, tandis que le réseau de l’ANRS pourra aller jusqu’à 5 700 séquences. « La capacité totale s’élève à près de 10 000 séquences hebdomadaires avec la possibilité d’upgrader le dispositif en cas d’urgence ou de besoin », poursuit le Pr Yazdanpanah.
Ce volume de séquençage est jugé suffisant pour maintenir une surveillance pertinente. Avec l’expérience acquise et la réflexion menée par l’Institut français de bio-informatique, « on réalise qu’il n’est pas forcément nécessaire de séquencer un très grand nombre d’échantillons. Entre 2 000 et 3 000 séquences sont suffisantes. En faire plus n’apporte pas de valeur ajoutée supplémentaire en termes de surveillance épidémiologique », témoigne le Pr Lina.
Cette « désescalade » du séquençage ne devrait pas entamer la « capacité d’activer un réseau de laboratoires en cas de nouvelles émergences », avec un « inventaire permanent des capacités et des compétences disponibles », précise le virologue. Le futur consortium devrait également pouvoir être étendu à d’autres viroses respiratoires, mais aussi éventuellement aux arboviroses ou à d’autres maladies émergentes. « Il a déjà été utilisé pour la tuberculose ou l’antibiorésistance », indique le Pr Yazdanpanah.
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