Covid : les sous-variants BA.4 et BA.5 responsables d’un nouveau pic en Afrique du Sud, le Pr Delfraissy « optimiste » sur la situation à court terme en France

L’Afrique du Sud, qui rentre dans la période hivernale, connaît actuellement une nouvelle vague de Covid-19, portée par deux nouveaux sous-variants d'Omicron, BA.4 et BA.5, a prévenu Organisation mondiale de la santé (OMS), lors d’un point presse le 4 mai. Dans le pays, le nombre de nouveaux cas recensés a augmenté de plus de 50 % en 24 heures, selon des chiffres officiels publiés le 5 mai.

« Il est trop tôt pour savoir si ces nouveaux sous-variants peuvent causer des formes plus graves de la maladie que les autres sous-variants d'Omicron », a indiqué le directeur général de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus. Mais des premières données d’Afrique du Sud suggèrent que le vaccin conserve une efficacité contre les formes sévères et les risques de décès.

Les chercheurs sud-africains avaient déjà identifié Omicron à la fin de l'année dernière et ont été les premiers à signaler BA.4 et BA.5 sur la base de données internationale GISAID.

Une surveillance renforcée en France et en Europe

Au-delà de l'Afrique du Sud, ces deux sous-variants ont aussi été détectés au Botswana, au Danemark ou au Royaume-Uni notamment. En France, la surveillance, récemment renforcée sur ces deux sous-lignages d’Omicron, a permis de détecter, au 2 mai 2022, deux cas de BA.4 et six cas de BA.5, indique Santé publique France (SPF), dans son point épidémiologique hebdomadaire du 5 mai.

Dans sa dernière analyse de risque sur les variants, réalisée avec le Centre national de référence des virus des infections respiratoires, SPF précise que les sous-lignages BA.4 et BA.5 sont « similaires à BA.2 mais leur protéine Spike possède en plus les mutations L452R, F486V et R493Q ». « À ce stade (au 20 avril, NDLR), aucun élément épidémiologique ou clinique préoccupant ne leur est associé », lit-on également.

De son côté, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a classé BA.4 et BA.5 comme variants à suivre (VOI). « Parmi les caractéristiques génétiques ayant attiré l’attention de l’ECDC, la mutation L452R a été décrite comme un des facteurs associés à la transmissibilité importante de Delta. Il est essentiel de déterminer quel impact cette mutation peut avoir dans le contexte génétique d’Omicron », explique SPF.

La mutation L452R, identifiée dans 0,2 % des séquences Omicron de GISAID, n’a pour l'instant pas été associée à des caractéristiques spécifiques. Mais « une étude in vitro suggère des différences de comportement entre des virus Omicron modifiés génétiquement pour inclure ou non la mutation L452R (fusogénicité, infectivité in vitro, clivage de la protéine Spike), mais ces données sont très préliminaires et doivent être confirmées avec des données en vie réelle », poursuit SPF.

La nécessité de maintenir la surveillance mondiale

Face au pic sud-africain actuel, le patron de l’OMS a de nouveau exhorté les populations à se faire vacciner, « la meilleure façon de (se) protéger », a-t-il estimé, alors que moins de 45 % de la population adulte d’Afrique du Sud est entièrement vaccinée.

Il a par ailleurs rappelé l’importance de maintenir la surveillance mondiale de l’épidémie. « Les sous-variants BA.4 et BA.5 ont été identifiés car l'Afrique du Sud effectue toujours le séquençage génétique (du virus) que d'autres pays ont cessé de faire », a souligné Tedros Adhanom Ghebreyesus. La baisse de la surveillance et du séquençage empêche de suivre l’évolution du virus et oblige l'OMS à piloter la pandémie « à l'aveugle ». « Dans de nombreux pays, nous ne pouvons pas voir la façon dont le virus mute. Nous ne savons pas ce qui nous attend », a-t-il averti.

En France, la vague BA.2 en recul

En France, le ralentissement de l’épidémie se confirme, « avec une diminution des taux d’incidence (-39 %) et de positivité (-5 points) », est-il indiqué dans le point hebdomadaire de SPF. Si les taux restent élevés, la moyenne quotidienne des nouvelles contaminations sur sept jours s’établit désormais à 43 865, contre 80 980 la semaine précédente. À l'hôpital, 21 880 malades sont toujours pris en charge pour Covid, contre 24 130 une semaine plus tôt.

Cette « très nette amélioration (…) donnera lieu à des adaptations dans les prochaines semaines » des mesures en vigueur, a souligné le président Emmanuel Macron lors du Conseil des ministres du 4 mai. Depuis mi-mars, des mesures comme le port du masque dans les transports en commun, le passe sanitaire dans les établissements de santé ou l'isolement après un test positif sont toujours en vigueur.

« Fin mai-début juin, il y aura probablement des décisions politiques », a assuré le Pr Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique Covid-19, ce 6 mai sur France Info. « On sort de cette cinquième vague, qui a été un peu plus longue que prévu » et on peut être « optimiste de façon raisonnable pour la France et l'Europe pour les mois qui viennent, avec probablement un printemps qui risque de bien se passer », poursuit-il, anticipant une baisse des contaminations autour de 5 000 à 10 000 cas par jour d'ici à fin mai. Avant de nuancer : « L'épidémie est contrôlée, mais on sait tous qu'elle n'est pas terminée. »

L’immunologiste a également rappelé que la situation était similaire au printemps dernier, avant que n'arrive en France le variant Delta au mois de juin, qui a rebattu les cartes. On peut en effet s'attendre « à la survenue d'un nouveau variant : on l'estime plutôt à la rentrée, mais peut-être qu'il arrivera avant », a-t-il prévenu.

En France, « la pandémie n’est clairement pas terminée, même si on peut espérer que, compte tenu des niveaux d’immunité dans la population (...), on puisse passer à une phase plus de transition », a espéré Sylvie van der Werf, virologue à l'institut Pasteur lors d'un point presse de l'ANRS-Maladies infectieuses émergentes le 5 mai. Il est « très difficile aujourd’hui de donner des indicateurs spécifiques » pour déterminer quand la pandémie prendra fin, a-t-elle ajouté.