On se saura probablement jamais l’origine du virus Covid-19 responsable de la pandémie de 2020. Mais qu’il s’agisse d’un pathogène d’origine naturelle ou d’un virus manipulé dans un laboratoire à Wuhan en Chine, peu de choses ont été véritablement faites pour prévenir de nouvelles émergences, selon un rapport produit par l’Académie nationale de médecine, présenté ce mercredi 2 avril.
À l’heure où la création de nouveaux pathogènes à des fins de recherche n’a jamais été aussi facile, et alors que le risque de zoonose est plus prégnant que jamais, la culture de la biosécurité n’est toujours pas implantée dans les laboratoires, et la surveillance zoonotique est encore insuffisante, regrettent les auteurs qui assortissent leurs constatations de recommandations.
À ce jour, « l’origine du virus reste méconnue, et l’hypothèse naturelle s’oppose toujours à l’hypothèse d’un virus échappé d’un laboratoire », explique la Pr Christine Rouzioux, rapporteure de ce texte qui a demandé deux ans de travail à un groupe de sept experts. Les auteurs ont donc considéré comme également plausibles les deux hypothèses et ont réfléchi à des moyens de réduire ces deux sources d’émergence.
Mais si le rapport indique ne pas vouloir entrer dans la controverse, il déploie plus largement les éléments sur la thèse de l’accident de laboratoire, aux dépens de la thèse naturelle. « Effectivement, il y a plus d'arguments » pour cette thèse, a déclaré la Pr Rouzioux, tout en affirmant qu'il ne fallait pas y voir une « prise de position ».
Un manque de transparence
Le rapport fait ainsi état des éléments plaidant en faveur d’un virus relâché dans la nature à la suite d’un accident de laboratoire : dès février 2020, une séquence du site de clivage de la furine a été décrite dans le génome du Sars-CoV-2, or ce site est absent de tous les autres sarbécovirus connus. « C’est un nouveau sarbécovirus dont on n’a pas identifié la nature et dont on ne connaît pas le virus ancestral », rappelle la Pr Christine Rouzioux, de l’hôpital Necker à Paris, même si des travaux menés par les chercheurs des Instituts Pasteur de Paris et du Laos ont permis d’identifier des séquences virales de sarbécovirus dont trois avaient une proximité avec le Sars-CoV-2 initial.
En outre, « des expériences génétiques d’insertion du site de clivage de la furine dans la séquence de coronavirus, par technique GOF étaient l’objet d’un programme de recherche en coopération entre des équipes américaines et chinoises, avec des manipulations à Wuhan », poursuit la Pr Rouzioux. Le laboratoire de Wuhan était de niveau 2 pour la sécurité biologique (BSL2), « insuffisant en matière de bioprotection de l’environnement et du personnel en cas de virus transmis par aérosol », ajoute la chercheuse.
Le rapport cite aussi plusieurs enquêtes menées par des services américains montrant que des incidents se sont produits dans le laboratoire de Wuhan dès 2018, avec notamment des problèmes de gestion des animaleries et un manque de matériel de protection du personnel. En septembre 2019, il y a eu des incidents non déclarés par des personnels atteints de pneumopathies. « Les tubes ont été jetés, et les fichiers informatifs ne sont pas accessibles » ajoute la Pr Rouzioux.
En sus de tout cela, les premières hospitalisations de personnes infectées ont été déclarées avec retard, en contradiction avec les accords internationaux signés par le pays. Plus globalement, la République populaire de Chine a entravé les efforts de recherche des origines du virus, puisque des recherches chez des chauves-souris et des mammifères par des équipes internationales sont encore bloquées par les autorités chinoises.
Prévenir les accidents comme les usages malveillants
Les rapporteurs proposent d’instituer une culture du risque visant à responsabiliser les chercheurs face aux questions éthiques posées par les travaux de modification de virus. Ces risques « sont sous-estimés par un certain nombre de chercheurs », peut-on lire dans le rapport. L’Académie suggère la mise en place d’une formation des étudiants sur l’évaluation des risques, incluant ceux apportés par l’IA et les nouveaux outils d’édition du génome. Ces risques sont non seulement liés à la manipulation des pathogènes en elle-même, mais également à la publication des résultats dont on peut redouter un usage malveillant appelé « recherches duales à risque ».
« Plusieurs types de procédures doivent être organisés et suivis, pour que les habitudes ne se perdent pas avec le temps », précise le rapport. Pour l’Inserm et le CNRS, de nombreux laboratoires et animaleries sont dispersés au sein des universités ou des hôpitaux, dans des locaux souvent sous double tutelle ; des procédures doivent donc être partagées sur la base d’un référentiel commun.
Les auteurs proposent aussi de créer dans chaque établissement public à caractère scientifique et technologique (EPST) une instance éthique et scientifique et d’inciter, voire d’obliger, à déclarer des incidents via des données complètes. Ils citent l’exemple de la Belgique qui punit tout manquement à cette obligation, et de l’Institut Pasteur qui a mis en place une instance éthique capable de bloquer certains projets de recherche sur la base d’évaluation de risque.
« Une formation aux manipulations avec des guides techniques incluant les procédures adaptées aux contraintes biosécurité devrait être développée dans tous les laboratoires de type BSL2, BSL3 et BSL4 », est-il proposé. Une des mesures emblématiques est la mise en place de boîtes noires biologiques qui doivent rester accessibles au contrôle.
À un niveau plus fondamental, les auteurs regrettent l’explosion incontrôlée du nombre de laboratoires BSL3 et BSL4 dans le monde. « En France et aux États-Unis, le nombre exact de laboratoire de niveau BSL3 n’est pas connu », s’alarme la Pr Rouzioux. En outre, les types de travaux qui y sont menés ne sont pas non plus toujours connus.
Un risque d’émergence zoonotique qui enfle
Le risque zoonotique augmente également de son côté sous l’effet conjugué du réchauffement climatique, de la déforestation et des interventions humaines dans les habitats des animaux réservoirs. Les auteurs du rapport en veulent pour preuve l’épidémie actuelle de H5N1 en Amérique du Nord et les épidémies en cours de dengue, zika, chikungunya, Oropouche, Marbourg, etc.
Le rapport préconise de « ne pas attendre qu’une épidémie démarre » et de coordonner la surveillance des émergences avec l’Inserm, le CNRS, l’ARNS-MIE, l’Inrae, avec un rôle central accordé à Santé publique France. « La gestion de l’épidémie de H5N1 par les États-Unis est catastrophique », pointe la Pr Rouzioux, qui souhaite que l’Europe et la France ne commettent pas les mêmes erreurs.
Une telle surveillance implique des investissements structurels, avec le renforcement des moyens techniques et humains, mais aussi des banques d’échantillons et des bases de données, et des fonds alloués à plusieurs niveaux de surveillance (environnement, animaux d’élevages, hôpitaux etc.), le tout en coopération avec des réseaux européens et internationaux. « Il faut considérer les données comme des biens communs, insiste la Pr Rouzioux, et donc les rendre accessibles et les partager entre chercheurs. »
Un rapport critiqué
Si l’Académie déclare ne pas vouloir trancher sur l’origine du virus, elle penche davantage pour la thèse d’accident de laboratoire, y compris dans ses recommandations. Si certaines visent à mieux surveiller l'émergence de pathogènes dangereux chez les animaux, l'institution insiste bien plus longuement sur la nécessité de mieux encadrer les recherches en laboratoire. Or, la communauté scientifique continue à largement soutenir la thèse de l'émergence naturelle.
Le propos a ainsi suscité un vif rejet de scientifiques, telle la chercheuse du CNRS Florence Débarre, qui a supervisé l'étude évoquant les chiens viverrins, et que l’AFP a interrogée. « Ce rapport est indigent scientifiquement », a-t-elle jugé, l'estimant proche du « propos de comptoir complotiste » et « indigne de l'institution qui le publie ».
Les auteurs du rapport assurent, quant à eux, ne pas vouloir s’attarder sur le passé mais préparer l’avenir. « Les deux hypothèses nous permettent d'émettre un double jeu de recommandations, a conclu la Pr Rouzioux. Le but du jeu, c'est de passer à autre chose, c'est d'avancer et aller (...) vers la culture du risque. »
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