Le virus HPV peut donner des lésions ailleurs qu'au niveau du col de l'utérus. Certaines sont le plus souvent bénignes, comme les condylomes acuminés (anus, vulve) ou la papillomatose laryngée, associées aux types 6 et 11. D'autres peuvent, comme au niveau du col de l'utérus, entraîner un cancer : vagin, vulve, anus, oropharynx, pénis.