Un organe à part entière

Le microbiote intestinal suscite un grand intérêt en ce qui concerne son implication dans de nombreuses pathologies et il est devenu un sujet de recherche très important. Les apports des nouvelles technologies ont permis un formidable bond en avant avec la caractérisation précise des bactéries qui peuplent le système digestif.

L'écologie intestinale élucidée

Chaque personne serait porteuse d’environ 600 000 gènes microbiens et de 160 espèces de bactéries différentes avec un socle commun à tous de 15 à 20 espèces. Une grande partie du microbiote intestinal était longtemps restée inaccessible à la culture en laboratoire. « Grâce aux outils de la génomique, nous avons pu décrire entièrement l’écologie intestinale et une découverte majeure a été faite, celle des entérotypes », a expliqué Joël Doré, (directeur de recherche, directeur scientifique de l’unité de service MetaGenoPolis, INRA, Jouy-en-Josas). Les entérotypes montrent que le microbiote humain peut être classé principalement selon trois agencements de taxa bactériens (Bacteroïdes, Prevotella et Ruminococcus). Les habitudes alimentaires au long cours peuvent avoir une influence, l’entérotype Bacteroïdes étant dominant chez les sujets ayant un régime occidental riche en sucres simples, protéines et graisses animales tandis que l’entérotype Prevotella est dominant chez les forts consommateurs de fruits et légumes.

De plus, il existe un lien entre entérotype et richesse en gènes et espèces, l’entérotype Bactéroïdes étant surreprésenté dans les microbiotes présentant une faible richesse en gènes/espèces tandis que les entérotypes Ruminococcus et Prevotella sont surreprésentés dans les microbiotes riches en gènes/espèces. Or, la richesse en gènes/espèces est un marqueur de bonne santé. Les sujets souffrant de maladies métaboliques (surpoids, obésité, diabète de type 2) ont un microbiote pauvre. « La dysbiose est un facteur de risque dans le développement de certaines pathologies : syndrome de l’intestin irritable, maladie de Crohn, obésité, diabète, maladies hépatiques, allergies, mais aussi maladies neurologiques », a précisé le Pr Philippe Marteau (Hôpital Saint-Antoine, Paris).

Probiotiques et transplantation fécale

Ainsi, une meilleure compréhension de la composition du microbiote intestinal et de son rôle permet désormais d’envisager son utilisation dans la prise en charge de certaines pathologies. Seules quelques souches particulières ont pour le moment, un rôle attesté. Parmi elles, on retrouve un probiotique qui a le statut de médicament (Saccharomyces boulardii CNCM 1-745 : Ultralevure) mais aussi des compléments alimentaires issus de souches de Bifidobacterium infantis 35624 dans le syndrome de l’intestin irritable ou Lactobacillus GG, par exemple. Les effets bénéfiques d’un probiotique sont souche-dépendants et non pas liés à la concentration en microorganismes ou en nombre de souches présentes dans le produit. Une autre pratique a fait ses preuves : la transplantation de microbiote fécal dans le traitement de la colite à Clostridium difficile. Des essais cliniques sont en cours pour la rectocolite hémorragique, la maladie de Crohn et le syndrome métabolique.

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Conférence de presse organisée par Biocodex