Dans une note d'analyse de la mission interministérielle recherche et enseignement supérieur (MIRES), la Cour des comptes a dressé un bilan de l'évolution des dotations de l'Agence nationale de la recherche (ANR) et a insisté sur l'importance d'une gestion précise du budget de l'agence. En 2012, l'agence disposait en effet d'une abondante trésorerie qui a été entièrement consommée par « les annulations massives de crédits » programmées depuis 2012. Le budget alloué était d'environ 750 millions en 2011, contre 488,48 en 2015. Le taux de sélection des projets a pour sa part plongé à 10 % entre 2014 contre plus de 20 % en 2009. Une stabilisation des moyens d'intervention de l'agence a toutefois été opérée selon le budget prévisionnel de 2016.
Selon la Cour des comptes, la disparition programmée de la trésorerie de l'ANR doit conduire l'agence à poursuivre des efforts dans la « fiabilisation des prévisions de décaissement » et notamment assurer un équilibre entre autorisations d'engagement (les dépenses programmées) et crédits de paiement (les sommes dont l'ANR dispose réellement). Pour la première fois depuis 2012, les autorisations d'engagement ont été presque alignées sur les crédits de paiement en 2015. Depuis 2008, jusqu'à 15 % des sommes programmées ne sont pas mises à disposition de l'ANR et jusqu'à 35 % des sommes dont dispose l'ANR ne sont pas employées. En 2015, la Cour des comptes a encore observé des « écarts » entre « plans de trésorerie votés au budget initial de l'agence et réalisation en gestion ».
Les organismes de recherche mis à l'amende
Pour ce qui est de la MIRES dans son ensemble, la Cour des comptes constate une légère baisse, hors programmes d'investissements d'avenir (1 milliard d'euros par an environ), de 0,4 % des crédits effectivement versés à la mission, (26,01 milliards d'euros en 2015) par rapport à 2014. Elle estime cependant que la MIRES reste une priorité budgétaire avec 8,6 % du budget général. Elle note les efforts réalisés dans l'enseignement supérieur : 5 000 créations d'emplois prévues entre 2014 et 2019 et élargissement des bénéficiaires des bourses d'étude.
Cet investissement a un revers : la sous-budgétisation des crédits destinés au financement des organismes scientifiques internationaux, en particulier au titre de l’Agence spatiale européenne (ESA). L’impasse constatée en 2015 est ainsi de 93,25 millions d'euros.
La Cour des comptes estime que cela « pourrait soulever, à moyen terme, des difficultés de financement ». La Cour s'attend à une augmentation de la « dette » de la France vis-à-vis d’organismes scientifiques internationaux comme le Laboratoire européen de biologie moléculaire, le Centre for evidence-based medecine ou encore le Centre international de recherche sur le cancer.
Les sommes versées en 2015 aux grands organismes de recherche français connaissent, quant à elles, également une baisse plus ou moins légère : l'INSERM a reçu 611,45 millions d'euros de la MIRES en 2015 contre 612,45 en 2014, le CNRS a reçu 2 538,59 millions contre 2 572,44 et le CEA a reçu 471,26 millions contre 501,43 millions en 2014.
L'efficacité du crédit impôt recherche difficile à évaluer
La Cour des comptes avait émis 9 recommandations en 2015, dont une seule a été véritablement suivie. La recommandation numéro 8 exigeait l'accélération de la production de données d'exécution relative au crédit impôt recherche (CIR) afin de procéder à des études sur l'impact réel de ce dispositif très critiqué par une partie des chercheurs.
En décembre 2014, une commission d'enquête sénatoriale avait été montée, afin de se pencher sur les possibles détournements du CIR. La rapporteuse Brigitte Gonthier-Maurin (sénatrice communiste des Hauts-de-Seine) avait produit un rapport très critique à l'égard des plus grosses entreprises bénéficiant du CIR, mais ce dernier n'avait pas été voté par la commission présidée par Francis Delattre (sénateur Les Républicains du Val-d'Oise). Malgré les demandes répétées de Mme Gonthier-Maurin, le rapport n'a jamais pu être rendu public.
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