Santé publique France (SPF) fait évoluer son dispositif de surveillance des trois infections respiratoires aiguës (IRA) que sont la grippe, le virus respiratoire syncytial (VRS) et le Covid, en intégrant des données « complémentaires » tirées de l’analyse des eaux usées.
Cette surveillance dite « intégrée » vise à « mieux évaluer le fardeau des virus de l'hiver en santé publique et sur le système de soins », a expliqué la Dr Caroline Semaille, directrice générale de SPF, lors d’une conférence de presse, le 5 octobre. L’an dernier, la saison hivernale a été marquée « par une triple épidémie Covid-grippe-bronchiolite, qui avait succédé à deux ans de pandémie Covid », a-t-elle rappelé. Cette nouvelle donne accentue le « besoin d'une approche plus globale », ajoute Bruno Coignard, à la tête de la direction des maladies infectieuses de SPF.
Un bulletin unique pour les trois IRA
Dès la semaine prochaine, l’agence sanitaire diffusera un bulletin hebdomadaire commun aux trois IRA, avec des données sur chaque virus, déclinées par territoire (points régionaux), et une analyse (point de situation). Aux indicateurs existants de surveillance syndromique, virologique et génomique (Sentinelles, Oscour, SOS médecins, Sidep pour le dépistage, hospitalisations, mortalité, enquête Flash du consortium Emergen), s’ajoutera une surveillance microbiologique des eaux usées par le réseau Sum’Eau.
Ce dispositif, très attendu, est issu des travaux de recherche du projet Obépine, né pendant la pandémie. Il remplit deux objectifs : assurer une détection précoce du génome du Sars-CoV-2 et suivre la tendance générale de circulation virale. Ses principaux atouts sont « la détection des cas symptomatiques et asymptomatiques » et la « surveillance populationnelle indépendante des pratiques de dépistage », indique Damien Mouly, coordinateur national de Sum’Eau.
Des prélèvements hebdomadaires seront réalisés dans stations d’épuration de 12 régions, choisies pour assurer une représentativité du territoire. « C’est le premier étage » du dispositif, précise Damien Mouly. Une extension est prévue. L’objectif, poursuit-il, est d’atteindre un « maillage territoriale encore plus fin » avec une « centaine de stations ».
Sum’Eau est concentré sur le Sars-CoV-2, mais des recherches sont en cours pour intégrer le suivi d’autres pathogènes, « en cohérence » avec les recommandations européennes. Ce pas supplémentaire demande « d’évaluer la méthode analytique pour chaque virus », indique le responsable de Sum’Eau. Concernant la détection des variants, une « expérience exploratoire » a donné des résultats « satisfaisants », poursuit-il. Ce suivi des évolutions du virus a « potentiellement vocation à être intégré » de manière progressive au dispositif.
D’autres évolutions prévues
L’ensemble des données seront disponibles sur le portail Géodes et sur data.gouv.fr. Aussi, d’autres évolutions sont à l’étude : l’application des niveaux d’alerte (pré-épidémique, épidémique) au Covid, l’extension de Sidep à la grippe et à la bronchiolite et un élargissement d’Emergen à d’autres pathogènes que le Sars-CoV-2. Le consortium dispose d’une capacité d’analyse de 4 000 à 5 000 séquences par semaine. Avec environ 1 000 séquences hebdomadaires actuellement, le dispositif « n’est pas utilisé à plein », relève Bruno Coignard.
Pour l’heure, l’activité liée au Covid est « stable », a également indiqué le responsable des maladies infectieuses, malgré une incidence plus élevée chez les personnes âgées. Le taux d’hospitalisation est « faible » et « stable ». Pour la bronchiolite, l’activité est en hausse, quatre régions de métropole, ainsi que la Guyane, sont entrées en phase pré-épidémique, selon le bulletin de SPF. La semaine dernière, la Guadeloupe et la Martinique atteignaient également ce niveau d'alerte. Les indicateurs affichent des « niveaux comparables » à ceux l’an dernier, à la même période. Le taux de VRS parmi les cas est faible : moins de 1 % des cas à l’hôpital, et 7 % en ville.
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